感谢楼主的开源精神, 下载之后大致浏览了下代码, 应该说楼主对MVC还是较为熟悉, 正确地使用ASP.NET MVC 的一些特性. 考虑楼主还是在校学生, 对软件工程化的经验较少, 不过代码还是有点问题.

1, 数据库操作放在了表现层工程的 Models文件夹里. 建议: 这个文件夹的语义是存放 数据传输对象, 比如 ViewModel, DTO之类的. 可以新建一个名为 xxxRepositories工程或者文件, 存放数据库交互代码.
2, Controller别乱放. 建议: 该放在Controllers文件夹下就放在这个下面.
3, 命名规范. 建议: QJSQ? 请假申请嘛... 能用英语单词表示就尽量英文单词了.别用汉语拼音缩写. 实在不行就拼音, 千万别缩写. 这对别人的理解非常致命.
4, 像这样HR类的应用一般交互很多, lz的程序还是采用的后端生成页面. 建议: 人靠衣装, 美靠靓装. 可以学习下 Angular 或者 React 之后再重构下.

不知道这么说lz会不会玻璃心,